Die Boningerlnnen begaben sich ursprünglich nach Hägendorf zur Schule. 1687 bildeten Kappel, Boningen und Gunzgen zusammen eine Schulgemeinde, von der sich Boningen 1803 löste.
Das erst Schulhaus wurde in Boningen 1837 gebaut. 1896 wurde es umgebaut und im Jahre 1950 vergrössert.
1990 wurde mit den Aushubarbeiten für das neue Mehrzweckgebäude mit Schulzimmer begonnen. Am 28. Okt 1991 war der Schultrakt bezugsbereit und die Schule zügelte in die neuen Schulzimmer. Im Februar 1992 konnte die ganze Mehrzweckhalle zur Benützung freigegeben werden. Am 27./28. Juli 1992 wurde die Mehrzweckhalle eingeweiht und auf den Namen „Schnäggehalle“ getauft.
Im alten Schulhaus befindet sich seit dem Schuljahr 1992/93 der Kindergarten. Die übrigen Räume werden heute für die Gemeindekanzlei, sowie als Kultur und Sitzungszimmer benützt.
Heute gehen die Schüler von der 1. bis zur 6. Schulklasse in Boningen zur Schule und besuchen vom 7. bis 9. Schuljahr die Schulen in Olten.
Ebenfalls wird der Kindergarten für die 5- sowie 6jährigen in Boningen geführt.
